疯狂动物园有很多任务，每当完成一定数量的任务之后就会出现一些隐藏任务，能在这些隐藏任务中抓到的动物就是隐藏动物，隐藏BOSS因为游戏一直在更新，目前暂不知具体多少只，但是玩到3-3，也就是解锁了丛林地图中的第三个小地图后，已知的隐藏动物应该有四个，稀有草原有两个。
第一个是稀有草原地图的长颈鹿，隐藏动物是外星长颈鹿，一个脑袋特别大，像磕肿了包一样的长颈鹿，周深绿色围着红白相间的围巾，这个是所有隐藏动物中最好抓的。进入隐藏关卡后，稀有草原的路会被拦截成好几段，每一段长颈鹿是跑步过去的，必须要找好障碍的最低位置，然后让长颈鹿把你甩过障碍才能继续游戏，每个分隔后都有一个新的长颈鹿等待，大概玩到第而或者第三个障碍之后，就能有外星长颈鹿出现，然后你只需要骑着外星长颈鹿坚持跑完就行。
稀有草原的第二个隐藏动物是骷髅象，骷髅象顾名思义就是象骨头，它会出现在一个满是骨头的稀有草原中，玩家刚开始骑着狮子，这个骷髅象跑得特别快，玩家需要不断的换乘狮子才能追上他，而一旦追上他又错过了，那么再往后跑就会没有动物了，玩家只能被狮子吃掉，这个动物抓捕不难，因为大象是可以撞毁前方的所有东西的，因此这个动物的难点在于怎么追上并套住它。