首先，选择细菌；接下来是难度选择。这次我们直接从困难难度切入。当然，移动端从1.8版开始追加了“最难（Mega Brutal/终极困难）”难度，其特点是进化病原体各项能力所需的DNA点数、会随着感染人数的增加而增加，建议新人在熟悉游戏后尝试。这里请选择困难难度（Brutal）。
接下来是要为病原体命名，当然可以什么也不输、使用默认命名“PAX-12”。
紧接着是修饰基因序列（Modify Genetic Code/修饰遗传密码），允许玩家开始游戏前为病原体注入一定的基因序列来改良病原体的属性，从而为游玩提供一定的便利条件。每一类的每一种基因都有其有利的特性，在这里不进行详细叙述，由各位自行了解。由于新人们在开始之初并不都入手了全套基因，所以这里不进行修饰以作指导。
载入完成后，便进入到了主界面，游戏就此开始。该界面由以下几个部分构成：1——信息框：在游戏过程中，发生特殊事件时将会弹出，包括新闻、病原体突变、瘟疫的扩散进展、政府的不择手段、解药的研发进度乃至最终的结局文字等等。
2——新闻栏：滚动显示游戏世界动态的动态栏，包括普通新闻、瘟疫新闻、政府措施等。
3——设置齿轮：点击可以调整游戏的显示和声音效果，并在此保存进度退出游戏。
4——速度控制：暂停或加快游戏世界的天数运行，最快只能是二倍速。
5——DNA点数：游戏中积累的DNA点数将会在这里显示，在获得和消耗时有数字提示。
6——解药进度：显示病原体解药的研发进度，会随着疾病的发展而增加或减少。
7——疾病信息界面：控制病原体发展界面，包括传染能力（Transmission/传播途径）、症状表现（Symptoms/发病症状）和特殊能力（Abilities）。
8——区域信息界面：了解病原体对区域或世界的影响情况，这包括人口信息和解药研发。
9——全球信息界面：与区域信息界面作用相同，但仅限于了解病原体对世界的影响情况。
从1.10版开始，你可以先点击一个国家或地区了解其情况，尔后再决定最终的传染发生地。你可以点击一个国域（例如：中国），然后再点击区域信息界面进入到关于这一地区的情报信息界面。
区域界面由以下几个部分构成：1——地理信息：点击这个“i”字键可以了解到对应国家或地区的环境特点。
2——国家动态：表示对应国家或地区的社会秩序，依次分为“相安无事（Business as usual/一切正常）”、“全面混乱（General disruption/基本瓦解）”、“混乱状态（Widespread disorder/大规模骚乱）”、“接近无政府状态（Close to anarchy）”、“完全无政府状态（Total anarchy）”和“已彻底覆灭（No longer exists/不再存在）”六个等级。
3——人口分布：表示对应国家或地区的健康人口数、感染人口数和死亡人口数。
4——解药拨款：表示对应国家或地区对病原体解药的投入力度，以锥形瓶显现。
5——渠道情况：分为国境线、机场和港口，任一渠道被封锁时将会被画上叉号。
6——政府措施：显示对应国家或地区政府为应对病原体蔓延所采取的所有措施。
点击左上角的“i”字键即可显现对应国家或地区的环境提示。
特别的，不同国家或地区的地理特征有：
⒈收入类型：富有（Rich）、贫穷（Poor）
⒉聚落形态：城市（Urban）、农村（Rural）
⒊自然环境：潮湿（Humid）、干燥（Arid）
⒋地区气候：炎热（Hot）、寒冷（Cold）
每一个国域至少有上述八种特征中的一个特征，至多只能有四个特征。地理特征的差异将会影响到我们进化病原体传播能力及特殊能力方向，这在游玩过程中所要必须注意的。
接下来我们开始游戏。首先请学会积攒DNA点数，一切都要从这个大地图上获取。当然，这个大地图是可以缩放放大的。
游戏会随机出现点桔色DNA气泡（Orange DNA bubbles/橙色DNA气泡，简称“黄泡”），点击它们可以获得一定量的DNA点数。特别的，修饰基因序列中的“桔黄素增加（Cytochrome Surge/细胞色素爆发）”可额外增加黄泡的DNA点数。
游戏会发生各种随机事件，一些事件还会以信息框的形式弹出，并最终都归纳至画面上方的新闻栏里。你可以点击新闻栏回顾已阅的新闻资讯，在这里面除了标注红色和黄色的新闻是必须要关注的外，其余的无色和蓝色新闻可以无视（蓝色新闻只跟世卫组织和美国疾控中心有关而已，内容不痛不痒）。在这里，它提示“飞机使用新的消毒空气过滤器（Airplanes use new sterilisation air filters/飞机开始使用新款消毒空气过滤器）”，表明病原体需要升级对应传播能力才能恢复传播效果。
等到DNA积攒到9点左右，打开疾病信息界面。该界面由以下几个部分构成：
1——选项卡：可进入“疾病”（Disease/疾病概况，了解病原体的基本信息）、“传播”（控制病原体的传播能力）、“症状”（控制病原体的症状表现）和“能力”（控制病原体的特殊能力）四个分界面。
2——基本信息：了解病原体的传染发生地及开始之日，及每天感染人数和死亡人数。右边的培养皿显示病原体的成长情况。
3——DNA点数：游戏中积累的DNA点数将会在这里显示，在获得和消耗时有数字提示。
4——指数信息：显示病原体的传染性（Infectivity）、严重性（Severity）和致命性（Lethality），将随疾病的进化而有所变化。
在其中，三大指数是病原体影响游戏世界利害程度的重要衡量标准：
·传染性：传染性的增加可以加快地区乃至是跨地区的扩散传播，这是游戏当中病原体极其重要的一大特性。
·严重性：病原体的症状表现越发严重，解药的研发进度就越发放缓，同时也能够积攒更多的DNA点数。当然，游戏世界的政府会更加关注病原体的发展。
·致命性：致命性的增加可以减缓乃至中止解药的研发，并奖励更多的DNA点数。当然啦，在初期太高的致命性会很容易让感染者全部死光，致使有健康人幸存。
在《瘟疫公司》里，病原体的传播不外乎分为动物传播和媒介传播两种。这其中，动物传播主要由鸟类、牲畜、老鼠、昆虫和血液五种组成，每一种对应不同环境条件，在提高传染性的同时也会增加疾病突变的机率；媒介传播主要是空气和水源两种，同样是对应不同的环境条件，但只能是提高传染性不会造成突变。
当游戏的浅色图标变亮时，说明所拥有的DNA点数可以进化这个能力，反之不是。我们点击那个水龙头形状的图标，这时旁边的说明框会介绍点选能力的名称、作用和需要消耗的DNA点数。这时候，点击一下“进化”便可以进化所选的能力。此时图标由浅色变成了深色，说明进化成功，同时也扣除了对应需要的DNA点数。往后便是用这样的方法来进化病原体的能力。完成这一步后，可以解锁成就“崭露头角（Evolve your disease/突变您的瘟疫）。
接下来，以同样方法积攒10点DNA，然后进化传播能力当中的空气传播1级（Air 1）。
因为前面说过飞机使用新的消毒空气过滤器，所以升级了空气传播1级能力后便解除了这一情形。类型的情况还有“船舶推出了全新的杀菌清洗技术（Ships use new sterilising cleaning techniques/船只改用新款消毒技术）”，以此类推进化水源传播1级即可。
当然，光进化传播能力是不行的，我们还要让病原体适应不同的环境。点击疾病信息界面的“能力”来到特殊能力界面。
在《瘟疫公司》里，病原体的特殊能力分为环境能力、抗药能力和独特能力三种。这其中，环境能力主要由抗寒能力和抗热能力两种种组成，同样每一种能留对应不同环境条件，可以提高病原体在不同国域的传播速率；抗药能力除了提高病原体在发达国家和地区的传播速率外，还能强化或重组基因压制病原体解药。
由于在中国开局将会很快将病原体扩散临近的一个发达国家——日本。所以为了有备无患，在此要积攒11点的DNA进化抗药能力1级（Drug Resistance 1，因为日本有良好的航空和水路条件）。
很快的病原体将传染周边国家了。和开始在中国一样，都会有红泡和黄泡出现，方法相同。
《瘟疫公司》还有一个特别的设定：如果在开头病原体没有被发现且在扩散的一段时间内，便会随机发生一些自然灾害事件，包括洪水地震暴风雨龙卷风等等。其结果会导致一小部分人死亡，并损坏地区的一部分解药投入。大部分情况下自然灾害只会发生在未感染的地区，偶尔（注意是“偶尔”）人品不好的时候就会出现在刚被瘟疫感染的国家，于是让一小捏的感染者全部阵亡……
当全球感染人数突破七百万的时候，便会有“传染性超过肺结核（More infectious than TB/传染能力超越肺结核）”的提醒。
接下来积攒8点DNA进化抗寒能力1级（Cold Resistance 1）。这时候应该会有一段小爆发——也就是病原体加快向各个国家传染的步伐。
在被感染的国家和地区达到个位数以上后，便会提醒你去看看全球信息界面。所以，往下来介绍一下这个界面的作用。
该界面由以下几个部分构成：
1——选项卡：可进入“全球”（World/世界概况，了解人口分布及解药进度）、“解药”（Cure/解药研发，了解解药的研发情况）、“数据”（Data/其他数据，查看相关的数据报表）三个分界面。
2——人口分布：表示全球的健康人口数、感染人口数和死亡人口数。
3——瘟疫动态：表示病原体在游戏世界的影响情况，依次分为“还没被人类发现（has not been noticed/尚未被发现）”、“已经被人们发现（has been spotted/已经发现）”、“开始急速扩散（is spreading fast/正迅速传播）”、“已经覆盖全球（is global/已成全球性疾病）”和“人类即将灭亡（Humanity close to extinction/人类几近灭亡）”五个等级。
4——解药进度：显示病原体解药的研发进度及完成日期，随世界的变化而变化。
“解药”界面主要是提供研发解药的前三个主力国家、以及全球为对抗病原体所投入的拨款数额的信息。不同的国家对解药的最大拨款数额（既前面的小锥形瓶子数目）都不尽相同。
对于新手玩家来说，只要求要经常查看感染传播报告就行了。因为一些人在开始游玩游戏的时候，总是会忽略一些小的地区没感染而开始杀人，结果导致游戏失败。
当弹出突变的信息框后，立马进入疾病信息界面点选上方的“症状”，进入症状表现界面。在《瘟疫公司》里，所有病原体的症状表现都是由弱到强，并最终向致命性高的症状（俗称“大杀器”）靠拢的。而在七种基础病原体当中，症状可以分为消化线、呼吸线、皮肤线、精神线、过敏线、血液线和综合征七类。前六类症状都分布在症状树的外围，并逐步靠拢向致命性高的综合征看齐。
我们可以看到左下角一个眼球式图标，那便是突变出来的失眠（Insomnia/失眠症）症状了。猥琐流的精髓，便是及时退化这些突变出来的症状，在扩散全球前避免提前被人们发现。同时，第一次退化以及第二次退化各自都会获得2点和1点的DNA，何乐而不为呢？
继续，积攒17点DNA进化水源传播2级（Water 2/水源传播2）。
当全球感染人数突破一亿的时候，便会有“传染性超过艾滋病（More infectious than HIV/传染能力超越艾滋病）”的提醒。积攒15点DNA进化鸟类传播1级（Bird 1），强化陆上国与国之间的传播。
最后积攒13点DNA进化昆虫传播1级（Insect 1），至此传播方面可以不用花费太多了。
往后病原体在传播至全世界前还会继续突变6~7次，所以这期间一看到突变就立即退化。
当全球感染人数突破十九亿的时候，便会有“传染性超过普通感冒（More infectious than the Common Cold/传染能力超越感冒）”的提醒。至此，传染性的提醒到此为止。
只要及时退化突变的症状，如此就可以悄无声息地把病原体扩散到全球了。接下来，便是放大招的时候了。
这时候因为所有人感染到了病原体，所以可以放心地大幅度提高致命性。依次进化咳嗽（Coughing）、肺炎（Pneumonia）、肺间质纤维化（Pulmonary Fibrosis）、全身器官衰竭（Total Organ Failure/全面器官衰竭）、昏迷（Coma）和系统感染（Systemic Infection）。
接下来就是按套牌出路的画面。
只要病原体被发现后其严重性和致命性一定，各国政府都会采取一定的措施来保障其所在国的国民之安全。在这种情况下，新闻的作用就显得极其重要了，在激进流的情形中得是研读其采取的反击措施来制定下一步策略。
很快地病原体解药研发被搬上日程了。我们可以再次打开全球信息界面和区域信息界面，会发现对应项目已经有了相关的数据内容。当全球死亡人数突破7500万的时候，便会有“致死的人数超过黑死病（Killed more than The Black Death/杀伤力比黑死病更强）”的提醒。
当全球死亡人数突破1.2亿的时候，便会有“致死的人数超过西班牙流感（Killed more than Spanish Flu/杀伤力比西班牙流感更强）”的提醒。
在这种死亡狂潮中，各国很快会陷入混乱且解药的研发进度被打乱。游戏会通报第一个陷入全面混乱状态的国家，这时候你如果打开对应国家的区域信息界面，可以看到解药拨款那里开始出现了破碎的锥形瓶——这便是病原体的严重性和致命性的作用体现。
当全球死亡人数突破3亿的时候，便会有“致死的人数超过天花（Killed more than SmallPox/病原体致死的人数超过天花）”的提醒。至此，致命性的提醒到此为止。
当出现“全球科研集中到了病原体解药（Global research focused on cure/全球正致力研发制作解药）”的时候，说明解药研发等级已经达到最高了。这时候研发进度会飞快起来。
此时由于死亡人口猛增，因此积攒的DNA点数会出现一段小爆发时期。所以绝不能坐以待毙，得利用手中的DNA继续进化症状。首先是肿瘤（Tumours）。
“添加到观察名单（placed on watchlist/被列入监测名单中）”是必然会被触发的事件，由此可以解锁一个成就“RMS观察名单（RMS Watch List/RMS监测名单）”。
另外一个必然会发生的事件便是某国“领导全球解药的研发（leading global cure effort）”。
这会导致一架蓝色小飞机在世界地图上飞来飞去，每到一处便会冒出一个蓝色解药气泡（blue CURE bubbles，俗称“蓝泡”）。
你的任务就是戳破它以避免解药研发进度加快，这样可以解锁一个成就“破罐破摔（Bottle Smasher/瓶子碾碎者）”。特别的，修饰基因序列中的“蓝触媒催化（Catalytic Switch/催化剂开关）”可在点击蓝泡时获得额外的DNA点数。随着大量人口的死亡，很快的就有第一个陷入无政府状态的国家出现了。在这种情形下除了解药研发被终止外，原先所在国政府的所有反击措施都会失效，同时国境线恢复开放。
当然，症状还是要继续进化的……
重新再看看解药发放时间，你看是不靠谱的吧？
如此症状一条线即为“大杀器”所在，坐等灭世即可。最终赢得胜利。在这里你可以打开图表了解详细情况。
同时也可以用分享成绩功能把战况发送到社交平台去。
最后便是得分概况了。到这一步时便可以再解锁一个成就“全始全终（The End Plague/瘟疫结束）”。整个游玩过程就到这里结束了。
从1.10版开始，你可以在全新的分数排行界面上，了解目前的游玩进度。这里不再赘述。