浪客剑心拥有超过几十个大型副本，几十张原创精美的大型副本场景，力争还原剑心世界的经典漫画。
在副本中，大家需要依靠自己的武将和实力，以及各种策略技巧，挑战维护世界和平路上的各种阻碍的敌人，挑战隐藏在动乱的世界大头目。
副本一共分为三种：精英副本,普通副本，活动副本。
精英副本：
在精英副本中，普通副本里出现的精英将会全部卷土重来，敌人数量不仅会更多，而且难度也会更高，但奖励也会更加丰富，极具挑战性。
普通副本：
普通副本分为三种不同的难度，一颗星难度最低，玩家基本可以轻松挑战。两颗星难度稍高，难度开始增加。三颗星一般都为最难打，需要强大的实力。
活动副本：
活动副本奖励有3种，分别为一种是为英雄提供强化经验，一种是为法宝坐骑提供经验，还有一种是提供银币。