探索系统，顾名思义即是需要玩家自行探索发现，而且系统不会给玩家任何提示的一个游戏进行方式。常用于单机RPG游戏中。不过在《神奇宝贝》这个游戏中，也是有这个系统的存在的。并且在游戏前期，探索系统能给与玩家非常大的帮助。因为在游戏前期，玩家资源匮乏。哪怕是很低级的防具,饰品甚至魂石,对玩家的帮助都是极大的。甚至可以说玩家的第一笔资源都有可能来源于探索系统。
如图所示，红色圈圈内的NPC既然没有任何提示也没有系统指引，当你点击他的时会弹出对话，对话完成后可挑战他。当然，挑战胜利后会得一定的奖励。需要说明的是，可探索类NPC可无限次的重复挑战，但是只有第一次胜利后会获得奖励。再次挑战只有基本经验和金币。
如同可探索类NPC一样，其他2种可探索类道具也只可探索一次。不同的是，可探索类道具在被探索后即会消失，重新登录也不会再次刷新。“探索系统”给与的奖励大多都是：防具，饰品，先祖之魂，幻兽，金币，幸运符文，回城卷轴，普通符文和加强符文等一些游戏道具。其中有较小的几率可以获得属性较好的道具或幻兽，对游戏初期的玩家来说帮助是非常大的。因为防具，饰品和先祖之魂，是玩家幻兽进化星阶的必须物品。在游戏前期玩家获得这些物品的地方很少，所以探索成了非常大的一块资源。
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