宠物小精灵XY的游戏背景是取材于宠物小精灵的背景，在游戏中，心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为神奇宝贝大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚丽嘉三人和新的神奇宝贝相遇的冒险故事。在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。
除了玩家熟悉的剧情之外，反派角色火箭队怎么能少？
火箭队在宠物小精灵XY中表演的依然是反派角色，而且生命力非常顽强，在前面的几个关卡中，玩家几乎都是被武藏小次郎所带领的小精灵在作战，最后更是直接祭出火箭队的幕后黑手板木老大。
板木老大可不是武藏小次郎这种层次的实力，操作迷惑的超梦实力非常强劲，剧情大致透露这么多啦，接下来的宠物小精灵XY游戏剧情需要玩家自己来体验了哦。