《骷髅精灵三部曲》游戏中的副本，总的来说可以包括以下几种：
1、【剧情副本】
副本难度：
普通副本分为两种不同的据点
点状据点难度较低，一般只有一波敌人需要挑战。
带图标的据点难度稍高，并且通常带有一定的剧情。
每张图的关底BOSS具有更高的难度以及丰富的奖励。
每个据点基本分为：简单、普通、困难三种难度等级，每当通关一种难度后，可以在当前关卡获得一颗星，当星数达到所需要的数量后，可以在当前的副本宝箱中领取宝箱奖励。并且用于功法的修炼。
2、【精英本】
玩家在右下方的活动栏里进入以后，即可看到进入精英本的标识。
精英本是玩家检验实力获得大量道具的地方，玩家在15级及以上等级可进入，精英本的难度比普通副本高不少，胜利之后所获得的奖励也非常丰富。游戏中的主要装备都通过精英副本来掉落
精英副本不是光有体力就可以无限挑战，每天会有精英挑战的次数。如果次数没了，玩家只能等到明天再来了。
3、【活动本】
玩家在主界面右下方的活动栏里进入以后，即可看到进入活动本的标识。
活动本主要产出金币，经验伙伴和经验宝物。随着等级提高依次在18级，25级，30级开放，每日限定3次进入次数。
活动本分为简单，普通，困难3个难度等级，分别消耗2、3、5点体力。
活动本产出大量的经验材料，是玩家每天不能错过的活动之一。