《奔跑吧悟空》以副本的形式高度还原了西游记取经路上的种种关卡，新手引导后玩家就可由西天取经进入副本，进入副本战斗的伙伴人数由玩家等级决定，最多可由6名伙伴上阵战斗。
从观音殿开始，每个副本分为简单、普通和困难三种难度，只有玩家成功挑战简单难度的副本才可进入相对应的普通难度副本，依次通过普通难度副本后可挑战困难难度副本。玩家通过副本后会获得一定的经验奖励和物品奖励，困难难度拥有更多的经验奖励和更好的物品掉落。顺利通过三个难度的副本后，玩家可对副本进行扫荡，可掉落大量物品。15级后玩家可以开启精英副本，可掉落稀有道具，每日有三次挑战机会。25级后开启活动副本，可掉落铜钱，经验宝物与人参果。
前期副本没有等级限制，通关即可开启下一副本，但是后期副本将有等级限制。每个副本关卡消耗5个包子。
副本奖励：铜钱、道魂、不同等级的副本掉落不同的道具。